胃肠间质瘤，它的严重程度说大不大，说小也不小。虽然它和胃癌不同，但是都具有潜在的恶性发展机率，不好好治疗确实有变成恶性的机率。由于它的临床特征和其它的胃部疾病并没有太大的不同，都是表现为消化不良、胃痛、上腹不适这一类，所以很多时候会被忽视或者是误判，造成治疗时间不佳。虽然它比较的严重，但是是属于可以治好的一种。
第一早期症状隐秘，很容易被误诊。
胃间质瘤往往难以早期发现，且易被误诊。因胃肠间质瘤可发生在消化道的任何部位，以胃最为常见，所以长期被误认为是平滑肌瘤、平滑肌肉瘤，也常与胃肠道神经鞘瘤和胃肠道自主神经瘤混淆。在首次就诊的胃肠间质瘤患者中，有20%—30%的患者已发展成为晚期；有11%—47%的患者已发生肝转移和腹腔转移，错过了最佳治疗时机。究其原因，是因为胃肠间质瘤不仅病程早期症状隐秘，其临床症状也无特异性可言如果病灶在胃部，可能会表现为消化不良、胃痛、上腹不适，也有部分是消化道出血。如果病灶在小肠，则可能表现为腹痛、消化不良；如果病灶在直肠，则可能引起大便困难、异物感、里急后重等。
第二不管恶性程度，都应积极治疗。
胃肠间质瘤占消化道肿瘤的1%-5%，在临床中并非罕见。”蒋又新说，胃肠间质瘤虽然生长较缓慢，但是一种具有潜在恶性倾向的侵袭性肿瘤，其恶性程度是取决于肿瘤大小、发生的部位、肿瘤有无破裂及有丝分裂指数将胃肠间质瘤极低危、低危、中危、高危。但是近年来的研究发现，部分没有任何临床症状的胃小间质瘤也存在恶性倾向，哪怕是直径1cm左右的也需要引起重视，甚至还发现有胃间质瘤合并胃癌的病例。一旦发现胃间质瘤，应及时在医生的指导下，积极接受治疗。
第三胃镜、CT检查，有助早发现
胃肠间质瘤高发于50岁以上人群，建议超过45岁的人群做一次胃镜检查有助于发现早期的胃间质瘤。但是和其他消化道肿瘤不同，用胃肠镜检查很难发现全部的胃肠间质瘤，这是因为胃肠间质瘤发生在黏膜深面的固有肌层，在临床中他们经常发现，有的病人病灶已经转移了，可胃肠镜检查黏膜仍是完好没有破坏的。虽然胃肠镜检查有时候难以揪出胃肠间质瘤，不过它们仍难逃出CT的法眼。