纳豆是日本常见的传统发酵食品，由黄豆通过纳豆菌(枯草杆菌)发酵制成，具有黏性，不仅保有黄豆的营养价值，提高蛋白质的消化吸收率，更重要的是发酵过程产生了多种生理活性物质，具有溶解体内纤维蛋白及其他调节生理机能的保健作用。
大豆的蛋白质具有不溶解性，而做成纳豆后，变得可溶并产生氨基酸，而且原料中不存在的各种酵素会由于纳豆菌及关联细菌产生，帮助肠胃消化吸收。纳豆系高蛋白滋养食品，纳豆中含有的醇素，食用后使异常血压恢复正常。
防止骨质疏松症：纳豆菌含有相当高的维生素K2，可生成骨蛋白质，再与钙共同生成骨质,增加骨密度，防止骨折;
溶栓作用：纳豆中含有大量能溶解血栓的纳豆激酶是一种溶纤维蛋白酶，可预防血栓类疾病的发生。经常食用纳豆可周期性增加血浆中溶纤活性，有效预防心脑血管栓塞。痔也是血栓的一种，故纳豆也可用以口服或外涂;
预防高血压：纳豆中含有的醇素，食用后可排除体内部分胆固醇、分解体内酸化型脂质，使异常血压恢复正常;
抗氧化、延缓衰老：纳豆的粗提物中含有丰富的卵磷脂、不饱和脂肪酸、维生素E等抗氧化成分，可有效降低血脂、胆固醇及清除脑组织细胞中过氧化质色素，调节皮肤细胞和皮肤表面水和脂肪的平衡，促进血液循环，改善皮肤弹性，令皮肤光洁柔软，达到延缓衰老之功效;
防治肥胖症：纳豆中的粘液素具有很好的减肥效果。粘液素是由谷氨酸多肽以特别的结构组成，它具有与膳食纤维相似的作用，在人体肠道内不被吸收，吸水率比膳食纤维还高，与膳食纤维一起膨胀，使人体得到饱腹感，减少人体对脂肪的吸收，另外，纳豆中的维生素B2支持体内脂肪燃烧，防止脂肪在体内堆积，达到减肥之效。
乍见之下，纳豆像是可以长时间保存的食物，但实际上制作完成之后，顶多只可保存三四天。对于存放过久的纳豆，应避免食用。使用香豆素系药物的患者、高血压患者忌食。