导致肛门撕裂发生的原因主要包括：便秘、不良的排便习惯、外伤、感染以及缺血等，另外还有一些患者是因为人体本身的原因造成的，在平时应注意预防。
1、人体本身因素
人体肛门外括约肌由尾骨向前到肛管后方，分为二部分，沿肛管两侧向前围绕肛管，到肛管前方此二部连合，在肛管前方和后方留有间隙，肛提肌的大部分附着肛管两侧，前部和后部较少，肛管后部和前部不如两侧坚固，容易损伤，肛管向下向后成肛管直肠角，肛管后部受粪便压力较大。肛管后正中线血供给缺乏，弹性较小，均能导致肛裂。
2、便秘
由于直肠内长期滞留宿便可诱发直肠癌，粪便堆积还影响血液循环。患者用力解出干燥粪块，必然会使肛门承受较大压力，产生裂口、胀肿等一系列病理改变。所以肛裂患者在治疗时，一定要根治便秘，以防出现肛裂反复发作的现象。
3、排便习惯不当
排便时间长，容易造成肛门直肠内瘀血而诱发疾病。上厕时吸烟能缓冲大脑的排便反射，极容易造成便秘。排便时用力过猛，盲目不停地猛力努挣，只能使直肠肛门和盆底肌肉增加负担与局部瘀血，导致肛裂的发生和发展。
4、外伤
慢性便秘患者，由于大便干硬，排粪时用力过猛，易损伤肛管皮肤，反复损伤使裂伤深及全层皮肤，形成慢性感染性溃疡。有人报道，便秘致肛裂占14%~24%，但是便秘也可能是肛裂的后果，是由于病人惧怕排便所致。此外，产伤也可致肛裂，约占3%~9%。腹泻时频繁排便，肛管敏感紧缩也易损伤，反复损伤形成慢性感染性溃疡。
5、感染
齿状线附近的慢性炎症，如后正中处的肛窦炎，向下蔓延而致皮下脓肿，破溃而成为慢性溃疡;肛管损伤后亦难愈合的原因至今不明，有人认为主要是损伤合并感染所致，感染时炎性细胞可以释放溶胶原酶，阻止上皮组织再生与延伸。
6、缺血
近期有人提出肛管后正中线缺血是肛裂好发于该处的原因，因为肛管远端是由直肠下动脉供应，该血管穿越坐骨直肠窝，分出小支经肛管括约肌至黏膜，但多数后联合处缺乏直肠下动脉分支(占85%)。从毛细血管形态学研究也提示后正中线处内括约肌内部的毛细血管较稀疏。有人应用激光多普勒血流仪测得肛管后联合处的血流较其他象限处为少。以上都说明缺血确是慢性肛裂发病的主要因素。