1、酸雨对人体的危害。一是通过食物链使汞、铅等重金属进入人体，诱发癌症和老年痴呆;二是酸雾侵入肺部，诱发肺水肿或导致死亡;三是长期生活在含酸沉降物的环境中，诱使产生过多氧化脂，导致动脉硬化、心梗等疾病概率增加。
2、酸雨对水生系统的危害，会丧失鱼类和其它生物群落，改变营养物和有毒物的循环，使有毒金属溶解到水中，并进入食物链，使物种减少和生产力下降。据报道，“千湖之国”瑞典因酸雨，从七十年代初到八十年代中，有1.8万个湖泊酸化。国内报道重庆南山等地水体酸化，PH值小于4.7，鱼类不能生存，农户多次养鱼，均无收获。
3、酸雨对陆地生态系统的危害，重点表现在土壤和植物。对土壤的影响包括抑制有机物的分解和氮的固定，淋洗钙、镁、钾等营养元素，使土壤贫瘠化。对植物，酸雨损害新生的叶芽，影响其生长发育，导致森林生态系统的退化。据报道，欧洲每年有6500万公顷森林受害，在意大利有9000公顷森林因酸雨而死亡。我国重庆南山1800公顷松林因酸雨已死亡过半。