余甘子的副作用主要是针对特殊的人，比如孕妇以及脾胃不好的人，脾胃不好的人在吃了余甘子后可能会出现拉肚子的情况，而孕妇在吃了之后不仅会拉肚子，还严重的还会导致流产。
余甘子是比较常见的一种中药材，具有杀菌的作用，平时服用余甘子还可以养生，能够预防疾病，对人的身体是有好处的，但是在服用余甘子的时候可能会出现一些副作用，并不是所有体质的人都是可以余甘子的，对一些本身脾胃就不好的人，在拉肚子的时候最好不要吃余甘子，以免腹泻加重，同时孕妇也是不可以吃的，在服用完余甘子之后，要避免吃过凉过辣的食物，以免引起恶心呕吐的状况，虽然余甘子有副作用，但是余甘子的药用价值也是很高的。
余甘子具有抗病毒、抗菌的作用，不仅能够治疗眼角膜炎、胃肠炎，同时在感冒的时候服用余甘子，还可以缓解上呼吸道感染以及感冒发烧，对于咳嗽、慢性咽喉炎也有治愈的效果，余甘子里边含有抗氧化成分，吃了余甘子之后可以将体内的毒素排出，能够提高身体的免疫力。