成熟种子呈黄褐色或黑色，外种皮有皱折;单果种子粒数最少仅数粒，最多达1000多粒;留种要选取坐果好的两性株，并取两性花的花粉人工授粉，并待果实黄熟过半后采果，后熟至全黄熟时才剖取种子。
每克干种子约有50-65粒，新种子发芽率好，旧种子发芽率差;种子发芽适温为35℃左右，低于23℃或高于44℃均对种子发芽不利，以白天气温35℃、夜间气温26℃时发芽最快，故种子最适宜的催芽温度为35-37℃。
虽然，木瓜还起来它的食用和药用价值都在果实上，其实木瓜籽能吃吗?曾经也引起过不能的反响。由于木瓜的功效，不仅仅限于丰胸和美容养颜，所以大家对它也非常的喜欢。但是木瓜籽也是容易被人们忽略的部分，所以，大家也应该注意。