怀孕初期就是指女性刚怀孕的那段时间，这段时间的女性身体是应该格外重视的，因为她们的身体会变得特别的虚弱，常常会因为一些原因就会出现滑胎等等的原因，而且这段时期出现的症状也是比较多的，其中就包括了有褐色出现的这种情况，那么怀孕初期有褐色出血是怎么回事？
生化妊娠。生化妊娠是指精卵已经结合了，但是没有游到子宫腔内着床，或者是游回来了没有成功着床，称为“隐性流产”。一般在妊娠5周内的流产，血中可以检测到HCG升高超出正常值或者尿妊娠试验阳性，但超声检查看不到孕囊。患者通常无其他症状。
胚胎发育异常。如果胎儿发育异常会自然流产，其中大多数是染色体异常。如果发现褐色分泌物，应该在除外宫颈等生殖器发育异常或病变后，顺其自然，不要随意保胎，否则到后期，还是会出现更大的问题。
宫颈异常。最常见的宫颈糜烂，如果有性生活(很多人并不知道怀孕)后次日出现褐色分泌物，应该考虑是宫颈糜烂。其次宫颈息肉，也会导致出血，而且会持续不断，更应该注意的是蜕膜息肉，是妊娠后特有的息肉而且比宫颈息肉更容易出血并持续长时间出血直至孕中期，这种息肉不能手术切除，否则会导致流产或出血不止。所以，早孕期有褐色分泌物，先去妇产科看看宫颈。
子宫内膜脱落。由于个体差异等原因，有些女性怀孕后卵巢分泌的性激素尤其是孕激素水平比较低，导致一小部分子宫内膜继续脱落，因此这部分女性怀孕后依然会来月经，只是月经量要比正常时期少很多。直到妊娠三个月后，胎盘形成了，女性体内的雌激素、孕激素维持在一个比较高的水平，这时子宫内膜不再脱落，月经也就不再来了。
宫外孕。是指孕卵在子宫腔外着床发育的异常妊娠过程。宫外孕常有褐色分泌物，色暗红、量少、淋漓不尽，一般不超过月经量，随阴道出血可排出蜕膜管型或碎片。宫外孕的危害极大，受精卵不但不能发育成正常胎儿，如果不能及早发现宫外孕症状并处理的话，有可能危及生命。