作为一直被人误认为没有任何用处的扁桃体，通过近年的研究发现它在我们幼年时期分泌很多的特殊抗体、免疫细胞等。简单的从这一个角度来看它确实是有用的，不过如果它受到严重的感染还是切除比较好，这时候它的作用比不上它带来的危害大，而且扁桃体一旦出现感染就会使得患者呼吸、吞咽食物甚至是说话都不好。
以前由于对扁桃体的功能不够了解，被视为如阑尾一样，是人体中没有作用的器官，因而有些医生主张普遍把小孩的扁桃体割掉。近年来的研究表明，扁桃体内有淋巴组织、浆细胞和参与细胞免疫的T细胞、B细胞；能产生各种免疫球蛋白和特殊抗体；还能分泌干扰素，抑制细菌生长。因此，它是人体的防御器官，参与人体免疫功能网络，其免疫力在3～5岁的儿童身上表现最为活跃。因此对5岁以下儿童，切除扁桃体要慎重。
从免疫理论看，扁桃体确实很有用。但是从治疗角度看，若扁桃体有严重感染，反复发炎，影响咽鼓管功能，使听力受影响；或引起反复发作的关节炎、风湿病、哮喘等疾病。这时，扁桃体对身体健康不但无益，还给人体带来更多痛苦，那就应该施行扁桃体切除术。一般而言，儿童时期的扁桃体多呈生理性肥大，是正常现象，当这种生理性肥大影响到呼吸、吞咽和发音时，则应将扁桃体手术切除。
下列几种情况之一者，也应施行扁桃体切除手术。一是反复发烧、咽痛，同时扁桃体出现脓点。每年发作3～4次以上，并连续发作2～3年的患者。二是患急性扁桃体炎时，出现了张嘴困难，在扁桃体周围形成脓肿的患者，即使只出现过1次也要手术。三是对引起风湿性心脏病、关节炎及肾小球肾炎的慢性扁桃体炎患者。尽管如此，近年来医学界对扁桃体的割除手术越来越持慎重态度，特别对年幼儿童更为谨慎。