腘窝囊肿有可能是先天性因素导致，也有可能是慢性无菌性炎症引起，不能够排除是慢性膝关节病变导致，也有一部分诱发的因素。
1、先天性因素：半膜肌滑囊、关节腔以及股四头肌内侧头可能会有水平裂隙样结构，长约4毫米到24毫米，幼儿时期不是很明显，不过随着年龄的增长会导致裂隙的部位增长，如果关节腔当中有异常的压力，里面的关节液可能会从缝隙当中流出，滑囊会出现膨大，腘窝囊肿也会明显的增长。
2、慢性无菌性炎症：腘窝囊肿可能是滑囊本身的疾病，比如说滑膜慢性无菌性炎症，膝盖滑膜在肢体较浅表的位置，很容易受到损伤跟感染，容易发生腘窝囊肿。
3、慢性膝关节病变：对于中老年人来说，膝关节很容易出现病变，比如说半月板损伤或者是骨性关节炎，导致腘窝囊肿的发生，大多数发生在男性身上，屈膝伸膝的时候会受到限制，而且有膨胀和紧张感。
4、诱发的因素：比如说长时间行走、久坐、久站、做了剧烈运动，会诱发病情的发作。
病情急性期的时候可以采取手术治疗，比如说关节镜手术。