脓肿分枝杆菌感染可以选择多种抗结核药物来治疗，也可以配合吃消炎类药物治疗，用药时最好先做检查，然后才能根据医生指导服用药物。
脓肿分枝杆菌感染是属于一种结核，病情在患有此病后会有咳嗽和痰多的症状发生，随着病情的加重，还会出现胸痛和胸闷的症状，在患有此病后早发现需要早期治疗，治疗时可以去正规医院做身体检查，比如肺部彩超检查或者是结合肝菌培养检查，还需要配合做腹部CT检查，可以根据多种检查的结果来通过药物治疗病情，轻者可以口服消炎类药物，病情严重者还需要配合吃抗生素类的药物以及抗结核的药物来治疗，在治疗期间还需要配合做检查，主要是查看恢复情况，如果恢复比较慢或者没有达到恢复效果，还需要配合静脉输液治疗。
在治疗后期需要改善个人的生活不良习惯，比如不可以熬夜，在饮食上也要做好，注意不要吃辛辣刺激性食物，比如火锅、辣椒、喝酒等，这些食物可能会导致肺部不适，会影响恢复效果，可能还会导致病情加重，使治疗效果受到影响。