在我国殷商时代，人们已经能成熟地、大规模地制曲和用曲酿酒了。这从殷墟发现的酿酒遗址中用大缸酿酒的情况和出土的商代青铜器中滔器之多，可以得到说明。但那时的酒曲，也就是曲蘖，是松散的发霉发芽的谷粒，所以叫散曲。它含有有用的微生物不很纯，糖化和酒化力也不很强，所以酿酒时的酒曲的用量很大。
到了周代，由于酒曲的发展，曲蘖这个名称的含义也有了变化。曲，专指酒曲，种类也增加了。当时制的散曲中，一种叫黄曲霉的霉菌已占了优势。黄曲霉有较强的糖化力，用它酿酒，用曲量较之过去有所减少。有趣的是由于黄曲霉呈现美丽的黄色，周代王室也许认为这种颜色很美，所以用黄色制定了一种礼服，就叫“曲衣”。黄色后来成了历代帝王家的代表色。两汉时期，曲的种类更多了，例如有大麦制的，有小麦制的；有曲表面长有霉菌的，有表面没有长霉菌的。特别是当时除了散曲外，还出现了制成块状的曲，叫饼曲，而且不止一种。
晋代又出现了一种新的制曲法，即在酒曲中加入草药。晋代人嵇含的《南方草木状》中，就记载有制曲时加入植物枝叶及汁液的方法，这样制出的酒曲中的微生物长得更好。用这种曲酿出的酒，也别有风味。今天，我国有不少名酒酿造用的小曲中，就加有中草药植物，如白酒中的白董酒、桂林三花酒、绍兴酒等等。
从松散的曲到成块的曲，不只是形式的变化。因为饼曲外面和内部接触空气面不一样，外面有利于曲霉的增长，内部则有利于根霉和酵母的繁殖。根霉菌有很强的糖化力，也有酒精发酵力，它能在发酵中，不断繁殖，不断地把淀粉分解成葡萄糖，使酵母菌好再将葡萄糖变为酒精。东汉时代，有种叫“九酝酒法”的酿酒法，用曲量仅及原料的百分之五，这表明当时的曲已是根霉为主，且曲的作用也从糖化发酵剂变成了所需要的微生物繁殖的菌种。从散曲到饼曲，是酒曲发展史上的一个重要的里程碑。
此外，还有一种特殊的酒曲：红曲；红曲是霉寄生在粳米上而成的曲。红曲霉虽然耐酸、耐较浓的酒精、耐缺氧，但生长的慢，只有在较高的温度下才能繁殖，所以成为我国南方福建、广东、台湾一带酿酒的重要酒曲。宋代我国已能较普遍地制作红曲了。红曲制作工艺难度较高，稍有不慎红曲霉就很容易被繁殖迅速的其他菌所压倒。连明代李时珍都赞美说：“此乃窥造化之巧者也。”