从现实生活来看，细菌污染表现在多个方面，其中最常见且危害性最大的主要表现在食品细菌污染这方面。食品一旦被细菌污染极容易出现腐败变质现象，再食用的话很容易造成中毒，还可能患上一些传染性疾病，比如杆菌性痢疾等。
(一)导致食品腐败变质：食品的腐败变质泛指在以微生物为主的各种因素作用下，所发生的食品成分与感官性质的一切变化。这些变化往往是食品成分的降解伴随着产生令人不愉快的色、香、味、形等感官性状的变化，从而使食品降低或丧失营养价值与食用价值，是食品生产与经营中最常见的卫生问题之一。食品腐败变质会导致食品的营养价值降低、食用价值降低甚至丧失，还可能会引起食物中毒，大多数微生物引起的腐败具有明显的感官性质改变，但有些芽孢杆菌引起的腐败变质感官性质的变化不明显，主要发生在发酵制品和罐头食品中，由于产酸不产气，而这些食品本身又带有酸味，所以特征不明显，容易被误认为没有问题，使用后则可能会引起食物中毒。
(二)诱发食物中毒：有的食品被致病菌污染后，一方面在适宜的温度、水分、pH和营养条件下大量繁殖，使食品含有大量致病菌，当人体摄入一定数量的活菌后造成食物中毒;另一方面有些污染菌在食品中繁殖并产生毒素，引起食物中毒。
(三)引起食源性传染病：有些致病菌如痢疾杆菌、伤寒杆菌等，在污染食品后可在食品中存活一定时间，若食用前未采取杀菌措施，则可因食入活体致病菌而引起食源性传染病。常见的通过食品传播的细菌性传染病有：痢疾、伤寒、霍乱等。
(四)造成经济损失：无论因食品腐败变质而造成的食品废弃，还是诱发人类疾病都会伴随着一定的经济损失，据WHO统计，每年全球仅因食品腐败变质而造成的经济损失就多大几百亿美元。
食品细菌污染的危害性质与程度取决于污染食品的细菌种类和数量，如以杂菌为主的食品细菌污染以引起食品腐败变质为主;而当肠道致病菌污染食品时可引起介食品传播的传染病或食物中毒。