酸奶与牛奶不同地方主要是它加了乳酸菌能够有效调节体内的菌群平衡，促进胃肠蠕动，缓解便秘。但是，酸奶含酸，空腹吃会刺激肠胃。因此，酸奶一般是饭后吃。另外，相对牛奶，酸奶因为添加成分较多，热量也较高。100克牛奶热量为72卡，而同量的牛奶，热量才54卡。并且，酸奶相对牛奶较好消化，在第二天醒来后，容易感到饥饿，食欲会增大。
据中国食品饮料网记者了解，事实上从营养价值来说，两者差异不是很大。不过，酸奶与牛奶相比，酸奶更易于消化和吸收，使得它的营养素的利用率有所提高。此外，牛奶中所含的糖分大部分是乳糖，有部分成人的消化液中缺乏乳糖酶，影响了对乳糖的消化、吸收和利用，造成这些人喝牛奶后胃部不适甚至腹泻，称为"乳糖不耐受症"，此时可以用酸奶来代替牛奶。
现在市面上有大量的乳酸饮料都打着“酸奶饮料”的名号，但所谓的酸奶饮料跟酸奶的营养价值差距很大，酸奶的本质是牛奶，酸奶饮料的本质是饮料，由粉、糖、乳酸或柠檬酸、苹果酸、香料和防腐剂等加工配制。
酸奶里最重要的就是乳酸菌，它能够分解出对人体有益的物质，能够促进营养吸收和调节胃肠功能，但一般酸奶饮料里只有乳酸，是没办法发挥乳酸菌功能的。两者的蛋白质含量差别也很大，酸奶约为2.7%到2.9%，酸奶饮料则在1% 以下，喝酸奶饮料，对于补充人体营养没有积极意义的。