小头畸形的症状通常是认知功能障碍和鼻梁凹陷，其中还包括头围偏小和蹼指等，属于脑发育不良所引起的畸形，对正常发育会造成严重影响。
1、认知功能障碍：小头畸形主要是头颅小于了正常人，一般会有囟门提早闭合的症状，由于脑发育不全通常会出现脑功能下降，比如出现了痴呆或者是记忆错误，其中还包括记忆缺损和记忆过强等。
2、鼻梁凹陷：小头畸形的患者常常会伴有很多不适症状，比如出现了鼻尖上翘或者是鼻中隔软骨畸形，其中还包括鼻腔黏膜畸形，鼻梁会比正常的高度低一些，鼻背有不同程度的凹陷和畸形，还会伴有双眼突出以及手指细长等症状。
3、头围偏小：头围偏小属于小头畸形比较主要的特点，主要是脑部发育不良所引起的，脸部通常会有扁平状特点，还会有唇腭裂等症状，其中有先天性口腔颌面部发育畸形。
4、蹼指：出现小头畸形之后会对身体多个器官发育造成影响，其中还包括肢体发育，比如手或者是脚，手脚的形状可能会像鸭子一样的蹼，常常还会出现甲床相连，严重影响正常的生活和以后的工作。