微波治疗主要是利用极性分子间存在磁阻对振荡产生阻尼作用，会消耗微波能量而生热利用这些热量达到治病的目的，也就是利用微波照射病变组织，促使病情好转。
微波治疗主要是通过局部加热的方式达到治病的目的，而人体的组成成分大部分是碳水化合物，碳水化合物的分子都是极性分子，极性分子会在微波场作用下，随着微波频率改变其极性称作极性振荡，甚至还可以促使自身的免疫功能增强。
微波治疗可以用于消除炎症，而炎症大多是由于受伤以及受细菌感染之后引起的现象，甚至和某些维生素缺乏和过敏等引起的局部病变有关，病变的主要特征是血流循环不畅，利用微波照射在病变部位，可以促使病变部位的温度上升，上升之后会产生自我保护反应，从而改变病变部位的血流循环，使病变部位的症状好转。
微波治疗还可以用于治疗肿瘤，在利用微波照射的时候，可以促使病变部位的温度保持在42.5到43.5度左右，在治疗的时候可以促使病变部位的血流不畅，而促使正常组织快速的生长，使肿瘤的病情得到控制。