腐乳通常是霉菌发酵而成的。在做腐乳腌制的时候，通常会导致腐乳的表面出现一层白毛，而且这些白毛能够有效的促进霉菌的大量繁殖，在霉菌的作用下，能够有效的使腐乳中的蛋白质更容易被人体所吸收。腐乳在霉菌的作用下，不仅能够有效的维持里面所含有的维生素B2和维生素B12，同时里面含有的营养价值也是比较多的，比如铁锌等。腐乳发酵类型通常分为4种，第1种通常是腌制腐乳，第2种通常是根霉腐乳，第3种是毛霉腐乳。
1、腌制腐乳：在做腌制腐乳的时候，通常需要用豆腐胚加上水煮沸以后放上食用盐进行腌制，然后再将腌制的腐乳放入痰中加上佐料，只要让豆腐进行发酵，就能形成腐乳。
2、根霉腐乳：在做根霉腐乳的时候，通常需要采用耐高温的根霉菌，在将纯金培养后以后，让人工接种在夏天温度比较高的季节生产腐乳，但是跟霉菌丝会比较稀疏，而且颜色会浅，而里面存在的蛋白酶和肽酶活性比较低，在生产腐乳的时候，口感以及色泽方面与毛霉腐乳不同。
3、毛霉腐乳：毛霉腐乳在制作的过程中，将豆腐坯培养毛菌，然后再做称前期的发酵，让白色的菌丝长满在豆腐的，能够有效的形成坚韧的皮膜，能够有效的累积到蛋白酶，然后再放入腌制的坛内发酵。