游离型核糖体合成的是胞内蛋白,即合成后在此细胞内部发挥作用的蛋白质.如染色体上的蛋白质、细胞膜上的蛋白质、线粒体和叶绿体及细胞质基质中的酶.
附着在内质网上的核糖体合成的是分泌蛋白,即合成后要分泌到细胞外的蛋白质.如一些消化酶、激素等.
真核细胞中,核糖体进行蛋白质合成时,既可以游离在细胞质中,称为游离核糖体(freeribosome).也可以附着在内质网的表面,称为膜旁核糖体或附着核糖体.参与构成RER,称为固着核糖体或膜旁核糖体,是以大亚基圆锥形部与膜接着游离核糖体(freeribosome)..分布在线粒体中的核糖体,比一般核糖体小,约为55S(35S和25S大、小亚基),称为胞器或线粒体核体.
附着于内质网上的核糖体所合成的蛋白质,与游离于细胞基质中的核糖体所合成的蛋白质有所不同.附着于内质网上的核糖体,主要是合成某些专供输送到细胞外面的分泌物质,如抗体、酶原或蛋白质类的激素等,游离核糖体所合成的蛋白质,多半是分布在细胞基质中或供细胞本身生长所需要的蛋白质分子(包括酶分子).此外还合成某些特殊蛋白质,如红细胞中的血红蛋白等.因此,在分裂活动旺盛的细胞中,游离核糖体的数目就比较多,而且分布比较均匀.这一点已被用来作为辨认肿瘤细胞的标志之一.