1.链球菌属属
革兰氏阳性、无活动能力的链状排列的球菌，多数为腐物寄生菌，部分具有溶血致病性，与猩红热等传染病有关，能产生多种毒素，引起细菌性心内膜炎、肺炎、喉咙发炎等。
一般口腔内经常存在有腐物寄生菌，会趁口腔有伤口或烂牙而寄生其中。
2.类杆菌属
为革兰氏阴性厌氧性杆状细菌属，其中大部分无活动能力。正常存在于哺乳动物消化道和泌尿生殖道，一般肠道和粪都有此菌，口腔也可发现它的存在，特别是与牙周病有关的牙斑中，有时会引起牙肉感染。如在身体抵抗力低时，此菌入血（包括从口腔溃疡、经由黏膜渗透入血液），可引起坏血病。
3.梭形杆菌属
为革兰氏阴性两端呈圆锥形的杆状菌属，多数菌种正常生活在动物和人类的口腔内，而不会造成危害，但其中一种厌氧菌梭状拟杆菌，则可引起溃疡性牙龈发炎。
4.放线菌属
属革兰氏阳性、无活动能力的真菌样细菌，可在人畜致病，在口腔内经常存在。此菌在口腔发难只为炎症，不会致命，在肠道、肺部、皮肤等都可发病。如果在肺部引起感染则会造成阴影，易被误认为肺结核。此病可引起咯血、气促和破坏肺组织。常见病患是当病人有肺结核、肺部出血囊肿时，此菌在囊肿附生，严重可致命。
5.念珠菌属
酵母样真菌的一种，常见寄生于女性阴道与消化道（肠胃、粪便）。其中，白色念珠菌属（一种细小的卵圆形芽生菌）是口腔、肺、肠、阴道、指甲念珠菌发炎的主要病原体。口腔常见病患为鹅口疮，病时舌头及嘴唇后面出现白色斑点。
6.毛滴虫属
常存于人畜消化道的普通寄生虫，在肠道、口腔或阴道都常见。如身体抵抗力失衡，也会造成炎症。