转基因食品的潜在危害(目前证据还是推断，证据还不充足)
第一，转基因食品破坏原食物中的营养成分。一般来说，食品作为一个有机的整体有自身的整体性，食品的各个营养特性和化学结构有自身的有机构成，有其自身的规律性。转基因食品是指人为的将另一种基因转移到该食品中，转入的新的跨物种基因会打破这种完整性，破坏食品的整个营养结构,打破原食品的自然规律性，降低食品的营养价值，破坏其营养组成;此外，人体也是非常复杂的有机整体，人体食用这种改变了农作物品质的基因及其表达产物的转基因食品会改变宿主体内的代谢途径，打破人体内部的营养平衡和生理机能，造成体内营养素紊乱，使其营养结构失衡，甚至有更严重的影响。
第二，转基因食品含有毒素。一般而言，传统农作物长时间食用与不断选择，使人类对所选择作物的毒性有比较清楚的了解，所食用作物大部分被公认为是安全的。而转基因食品是这十几年才被广大公众消费，进入人们生活的时间较短。转基因作物由于转入外源性基因而可能使这种作物含毒量增加，或者恰恰转入了一种致毒基因，使原本无毒的农作物有毒，从而可能造成食用这种作物的人或动物中毒，因此，它对宿主的代谢具有潜在毒性作用，可能出现滞后效应或长期效应。因为，基因人工提炼和添加在达到某些人想要效果的同时也会增加或积聚食物中原有微量毒素。这些毒素对人体有害，可能无法被人体代谢掉或说这些毒素正在进行中，有一定潜伏期，没被察觉。
此外，它可能还会导致不可预见的生物突变,甚至会使原来毒素水平提高,产生新毒素，对人体健康造成隐性损伤。第三，转基因食品使人体产生过敏反映。过敏性反应直接关系着人体的免疫系统，在自然条件下存在许多过敏原，而转基因食品可能诱发或加重过敏性反应风险。传统作物中，某些人对部分作物食品存在着过敏反应，食用其它作物食品是安全的。而转基因作物通常插入特定的基因片断以表达特定的蛋白，而所表达蛋白若是已知过敏原，则恰有可能把这种带有过敏反应的基因传入原本食用并不过敏的食品中。