《孤舟》是一部以抗日战争为背景的悬疑战争剧，主要讲述了顾易中在抗战期间经历的一系列复杂事件和成长的故事。
顾易中本是一位有着留美背景的建筑师，才智过人，外貌出众，与肖若彤是一对青梅竹马的情侣。他本在国民党苏州市政建设领域工作，抗战爆发后，在好友肖君侠和肖若彤的影响下，成为了一名地下工作者。
在一次救援任务失败后，苏州地下组织的联络点不幸暴露，甚至根据地也因此被捣毁，导致顾易中被误认为是“八号细胞”。这一变故让他们的关系陷入了困境，肖若彤也一度对顾易中产生了误会。
林书娟本只是战争中的一个普通人，她的父母早逝留下她独自生活，机缘巧合之下拜了张海沫的父亲张玉泉为师学起了评弹。中统区昕萍用她弟弟的性命胁迫她，借张海沫的身份前往苏州，以顾易中未婚妻的身份住进了顾府。
看到最后，肖若彤牺牲，顾易中重操旧业，才知张海沫为什么毅然离开。
顾易中为查出“八号细胞”是谁不惜进入九十号特工站收集线索，期间他联合肖若彤救出了肖君侠，也彻底查清了“八号细胞”就是他的姐夫胡之平。
胡之平从周知非处得知肖君侠被救后，便知道他的身份暴露了。周振武找到他，与他交涉之间却被他一枪毙命。他想快速脱身便与周知非联系，以提供更有利的价值为条件，向他要一笔钱想要带着顾慧中离开。顾慧中看出端倪，跟踪他终于知道他就是“八号细胞”，真正害死她爹，陷害她弟弟的人，却在犹豫之间反被他灭口。而最后他也难逃一死，遭周知非一枪毙命。
顾易中终于洗清嫌疑，肖若彤提议与他一起回根据地，他却因张海沫拒绝了。在他几次生死之际，只有张海沫从未放弃过他，一直相信他鼓励他，甘愿被所有人误解也要与他并肩同行。
他一方面为了救海沫、一方面为了组织营救蒋伯先。蒋伯先被救，而区昕萍被抓。顾易中将消息带给海沫，海沫也因为区昕萍的离开更决绝的想要加入抗日。
周知非一直以来都太过精明，就算是让他亲手枪毙昔日的爱人他也能下得去手，想要抓住他的把柄并不容易。在经过一番考量之后，决定让顾易中与海沫结婚，肖若彤在经过一番心里斗争后也只能选择同意，为了国家也只能暂时牺牲个人的情爱。她看得出来海沫对顾易中的情感，却又不得不选择放手。
在最后一次任务中，她却因意外牺牲了。她的牺牲也换扭转了局面。抗战胜利后，顾易中又重新做会了建筑师，而张海沫却毅然决定离开他的身边。
她柔弱的外表下有很坚韧的自我，朴素善良。虽只是一个弹词女先生，却是很容易去为对方着想，跟对方共情。对顾易中这个爱的人，她虽然喜欢，但是她的很多行为是跟回报或者这个人喜不喜欢她无关的。
她一路上陪伴在他左右，始终坚定自己对他的感情，可顾易中却是到最后也分辨不清楚对她究竟是一种依赖还是革命战友之间的感情或是爱情。只有分开，才能让他看清自己的心，他们之间才能有新的希望。